در بخش تحقیقات ژنوميكس پژوهشکده بيوتکنولوژی کشاورزی با استفاده از روش های نوين بيوتکنولوژی، ژنوم گياهان، ريزسازواره‌ها و آفات مهم مرتبط باکشاورزی مورد بررسي قرار مي گيرد.

عمده‌ترين فعاليت‌هاي اين بخش بررسي تنوع ژنتيكي گیاهان، سوش‌هاي مختلف عوامل بيماريزاي گياهي و حشرات، مکان يابی و نشانمند کردن ژنهای کنترل کننده تنشهای های زيستی و غير زيستی، تبديل نشانگرهاي تصادفی به نشانگرهاي اختصاصي، جداسازي، دست‌ورزي و همسانه‌سازي ژنهای مفيد ،ساخت پلاسميد، آناليز مولكولي گياهان تراريخته و تهيه كيتهايي به منظور تسهيل و تسريع شناسايي عوامل بيماري‌زا در گياهان مي‌باشد.

شرح وظايف بخش تحقيقات ژنوميكس:

    -  انگشت‌نگاری DNA گياهان, حشرات و ريزسازواره‌هاي مهم مرتبط با كشاورزي

    -  تشخيص روابط فيلوژنتيك بين ارقام زراعي و گونه‌هاي وحشي

    -  رده‌بندي گياهان زراعي، باغي و زينتي و تفكيك و تشخيص ارقام و واريته‌ها با استفاده از نشانگرهاي مولکولی

    -  همکاری در تهيه بانکها ی اطلاعات مورفولوژيکی و مولکولی گونه های گياهی, حشرات و ريزسازواره‌ها ( مرتبط با کشاورزی) نگهداري شده در بانكهای ژن

    -  آزمايش مولكولي واردات گياهي به منظور بررسي ‌آلودگي احتمالي و تراريخته بودن آنها با تقاضاي مراجع ذيربط

    -  تهيه نقشه‌هاي ژنتيك اشباع، مولكولي، تلفيقي و فيزيكي گياهان، حشرات و ريزسازواره‌ها

    -  مکان يابی و نشانمند کردن ژنهای کنترل کننده تنش های زيستی و غير زيستی

    -   انتخاب تسهيل شده به وسيله نشانگرهای مولکولی

    -   تهيه کتابخانه هایcDNA  ژنومی و تعيين توالی ژنوم گونه های بومی ايران

    -   تهيه نشانگرهاي DNA، كاوشگرها، پيشبرها، مواد زيستي و همسانه های مورد نياز تحقيقات كشاورزي

   -  جداسازي و همسانه سازی ژنهای کنترل کننده تنش های زيستی و غير زيستی با هدف انتقال آنها به گونه های مهم زراعی با استفاده از نشانگرهای مولکولی و ريزآرايه

    -   تعيين، دست‌ورزي و جايگزينی اجزاء ژن از قبيل پيشبردها، پايانه‌ها، اينترونها و تواليهاي رمز كننده

    -   تجزيه مولكولي گياهان تراريخته در سطح DNA و RNA.

    -    تهيه كيت جهت تسهيل و تسريع شناسايي عوامل بيماري‌زا در گياهان